Geheimhaltungsmaßnahmen, die Verbindung zu geheimer Flugzeugforschung und Berichte über ungewöhnliche Phänomene machten Area 51 zu einem zentralen Bestandteil moderner UFO- und Verschwörungstheorien. Angeblich fanden oder finden dort unter anderem folgende außergewöhnliche Aktivitäten statt:
Lagerung, Untersuchung und Reverse Engineering abgestürzter außerirdischer Raumschiffe (u. a. Material eines angeblich 1947 bei Roswell abgestürzten Objektes), die Untersuchung der jeweiligen (toten oder lebenden) Besatzungen und die Herstellung von Flugzeugen, die auf außerirdischer Technologie basieren. 1989 behauptete Robert Lazar in mehreren TV-Interviews, an geheimen Projekten in einer Forschungseinrichtung S4 in der Nähe des Papoose-Salzsees im Area 51 gearbeitet zu haben.[11]
Treffen und geheime Gespräche mit extraterrestrischen Lebensformen.
Entwicklung exotischer Energiewaffen (für die Strategic Defense Initiative oder andere Anwendungen, wie z. B. Wetterkontrolle).
Aktivitäten in Verbindung mit einer angeblichen Schattenregierung der Welt durch die Illuminaten und andere Geheimbünde.
Geheime Filmstudios, in denen die Bilder von den Apollo-Landungen auf dem Mond gedreht worden sein sollen (siehe Verschwörungstheorien zur Mondlandung).
Der nächstgelegene zivile Wohnplatz außerhalb der Area 51 ist das kleine Dorf Rachel; es wurde zum Pilgerziel für Verschwörungstheoretiker und Ufologen. Einige Besucher berichteten von Begegnungen der ersten Art, in Form von unüblichen Lichterscheinungen entlang des durch den Ort laufenden Highways 375, der mittlerweile auch offiziell „Extraterrestrial Highway“ heißt. In den meisten Fällen ließen sich diese Erscheinungen jedoch auf Kampfjets der nahegelegenen Nellis Air Force Base zurückführen, die entlang des Highways Zielübungen durchführten oder Positionslichter von experimentellen Flugzeugen, wie der U2, die Testflüge von der Area 51 durchführten.
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